Der Freundeskreis des Klosters Magdenau wurde vom Kantonsrat Albert Schwendimann (1927-2016) ins Leben gerufen und am 18. November 1995 als gemeinnütziger Verein gegründet. Seine Ziele sind die Erhaltung und Förderung des Klosters Magdenau; die Mittel sind die Öffentlichkeitsarbeit, die Unterstützung kultureller Bestrebungen, die finanzielle Unterstützung und die manuelle und organisatorische Mithilfe. Der Freundeskreis organisiert kulturelle Veranstaltungen (Ausflüge, Vorträge, Adventskonzerte) und lädt seine Mitglieder zu ihnen ein. In einem Jahresrückblick berichtet die Klostergemeinschaft über ihr Leben im vergangenen Jahr.
Seit seiner Gründung hat der Freundeskreis des Klosters Magdenau die Realisierung zahlreicher Projekte begleitet und gefördert. Zu nennen sind zum Beispiel die Sanierung des Brunnenhauses und des Brunnens im Innenhof des Klosters, die Sanierung des Klosterdachs an der Ostseite, die Revision des Personenliftes, die Digitalisierung der ältesten Archivurkunden, die neue Holzschnitzelheizung, die Restaurierung der Tafelbilder von Augustin Meinrad Bächtiger (1888-1971), die Revision der Glocken- und Uhrenanlage, die neue Beleuchtung und die Lautsprecheranlage in der Klosterkirche sowie die Errichtung einer modernen Waschküche.