Am Ursprung der Abtei Magdenau stand eine städtische Beginensammlung, die im Jahr 1228 in St. Gallen „auf dem Brühl“ von Berchtold Kuchimeister und Ulrich Blarer gegründet wurde. Im Jahr 1244 ermöglichte das Ehepaar Rudolf und Gertrud Giel von Glattburg der schnell anwachsenden Gemeinschaft die Gründung der Abtei Magdenau. Der Bischof Heinrich von Konstanz erlaubte den Schwestern die Benediktsregel zu befolgen und Abt und Konvent des Klosters St. Gallen übertrugen ihnen die Kirche St. Verena, Höfe und Land. 1247 wurde das Kloster in den Zisterzienserorden aufgenommen und der Obhut des Abtes von Wettingen anvertraut. Diese Verbindung blieb auch dann bestehen, als die Mönche nach der Auflösung ihrer Abtei 1854 in Mehrereau eine neue Bleibe fanden.
Zur Zeit der Reformation lebten in Magdenau 24 Nonnen. Das klösterliche Leben erlosch beinahe, doch es erstarkte wieder und bereits 1550 wirkten Magdenauer Schwestern an der Erneuerung anderer Klöster mit. Spätestens 1620 begann die Klosterkirche zugleich als Pfarrkirche zu dienen. In der Barockzeit wurden die Gebäulichkeiten erweitert und das Kloster erlebte eine Glanzzeit, die ihren Höhepunkt in der feierlichen Überführung der Katakombenheiligen Theodora nach Magdenau fand. Es entstand eine Wallfahrt und es wurde ein Glockenturm aufgerichtet.
Eine weitere Belastungsprobe hatte das Kloster in der Zeit der Helvetik zu bestehen, als es einen grossen Teil seiner Besitzungen und die Gerichtsbarkeit verlor und unter staatliche Verwaltung kam. Die damalige Äbtissin Maria Verena Müller (reg. 1777-1808) leitete jedoch die Angelegenheiten des Klosters mit Geschick und der Landammann Müller-Friedberg, der zugleich ein Freund des Klosters war, sorgte für schonende Behandlung.
Im 19. Jahrhundert wurde die innere Ausstattung der Klosterkirche mehrmals erneuert und im Weiler Magdenau wurden Neu- und Umbauten in Angriff genommen. Als die Pfarrei in das nächstliegende Dorf Wolfertswil verlegt wurde, wurde ohne vorangehende archäologische Untersuchung die alte Klosterkirche abgebrochen und nach den Plänen des Architekten Anton Higi 1952/53 eine neue Klosterkirche gebaut. Bei dieser Gelegenheit wurde auch das mittelalterliche Chorgestühl umgestaltet, erweitert und durch neue figürlichen Darstellungen (Handknäufe, Miserikordien Frontreliefs) vollendet. 1971-1973 erfolgte eine Gesamtsanierung der Klosteranlage.
Zum Kloster gehören auch ausserhalb des Klosterareals liegende Gebäude, wie die Mühle, Sägerei und das Gasthaus „Rössli", das 1792 erbaut wurde. Zusammen mit dem Schulhaus und dem Pfarrhaus bilden sie den Weiler Magdenau. In zwei Stauweihern, die ursprünglich dem Mühle- und das Sägewerk dienten, leben zahlreiche Amphibien, besonders Erdkröten. Mit dem Kloster ist ein landwirtschaftlicher und ein Fortsbetrieb verbunden.
Gegenwärtig bilden wir eine Gemeinschaft von sieben Schwestern und vertrauen auf Gottes gütige Führung durch das Auf und Ab der Geschichte.